El 15 de enero de 2003 se posesiona como presidente de la República. Días después Mauricio Pozo, nombrado como Ministro de Economía, anuncia el Plan Económico neoliberal que se adoptará. En menos de dos semanas, para asegurar el poder, Gutiérrez presiona la salida de 19 altos oficiales. El 20 de enero, en visita a EEUU, Gutiérrez dice al presidente George W. Bush: "Queremos convertirnos en el mejor amigo y aliado de los EEUU”; el 11 de febrero el diputado Carlos González (ID) denunció la creación de un grupo paramilitar afín al Gobierno conformado por empresas de seguridad de familiares de Gutiérrez. El 20 de febrero se reúne con el ex líder de la derecha León Febres Cordero para establecer pactos políticos, a la vez que periodistas de Carondelet denuncian maltrato por parte de la seguridad presidencial. El 12 de marzo Gutiérrez avalizó y autorizó a buques de guerra de EEUU para que intercepten embarcaciones ecuatorianas con sospechas de narcotráfico.

El 25 de marzo crea la Comisión Anticorrupción, adscrita a la Presidencia, bajo la dirección de Alejandro Nájera para que elabore una lista de enemigos del Gobierno donde constaban movimientos estudiantiles, trabajadores, activistas de derechos humanos, periodistas, entre otros, y montó todo un sistema de espionaje telefónico. Se denuncia como cuota política el nombramiento del hijo del diputado Renán Borbúa, menor de edad, en un consulado de los EEUU; de Susana Gutiérrez (hermana del presidente) y de Germánico Molina, amigo personal del presidente, como representante consular y Embajador en Argentina, respetictivamente. El 12 de junio se reveló la existencia de una red de más de cien familiares del Presidente y sus colaboradores PETROECUADOR, el BNF, en los Organismos de Control, en las empresas telefónicas, la CFN, Servicio Exterior. Se publicaron fotos donde mostraban a César Fernández, acusado de narcotráfico, ayudando en la campaña electoral de Lucio Gutiérrez. El 13 de noviembre la prensa argentina denunció que Germánico Molina ayudó a romper el arresto domiciliario del ex dictador Suárez Masón acusado de cometer violaciones a los derechos humanos.

A inicios de 2004 se consuman una serie de atentados contra opositores al Gobierno; el presidente de la CONAIE, Leonidas Iza, y su hijo, fueron atacados en la sede de esta organización. El 4 de mayo, Gutiérrez se reúne con Abdalá Bucaram en Panamá para pactar su retorno el 1ro de septiembre. El presidente de la Corte Suprema de Justicia, Guillermo Castro, aliado del Gobierno; notifica a la Fiscalía con sus providencias en las que nulita los juicios en contra de su amigo, líder del PRE Abdalá Bucaram, el también ex mandatario Gustavo Noboa y el ex vicepresidente Alberto Dahik. El 2 de abril llega Bucaram. Con esto, arrecian con fuerza las protestas en contra de Gutiérrez en la mayoría de provincias del país. Miles de ciudadanos y movimientos sociales y revolucionarios que venían en oposición al gobierno desde inicios de su gestión, salieron a las calles a protestar y pedir la salida de Lucio Gutiérrez.

El 14 de abril a las 21:30, rodeado del Alto Mando militar de las Fuerzas Armadas (Ejército, Marina y Aviación), el Presidente cesó a los Magistrados de la Corte Suprema de Justicia (CSJ), denominada “Pichi Corte”. El 15 de abril declara el estado de emergencia en Quito. Fuertes concentraciones agruparon a decenas de miles de personas en el norte y sur de Quito para protestar en contra del Gobierno y pedir su renuncia. El 17 de abril, ante periodistas extranjeros, Gutiérrez minimiza las protestas populares que piden su salida. A causa de la brutal represión policial a los manifestantes y su autoritarismo, muere el periodista chileno (residente en Quito) Julio García. El 20 de abril, dos años y tres meses después de llegar a la Presidencia del Ecuador, Gutiérrez fue cesado en sus funciones por el Congreso Nacional y huye por el aeropuerto Mariscal Sucre como el mejor aliado de los Estados Unidos. Ahora aparece en las elecciones de asambleístas con su infaltable populismo y al estilo Álvaro Noboa. Por todo eso y mucho más... ni pensar en votar por Gutiérrez.