Une polémique oppose le Pentagone à la CIA à propos des assassinats ciblés de chefs insurgés en Afghanistan et au Pakistan, ou l’Agence mène une campagne sur le modèle de l’Opération Phœnix durant la guerre du Vietnam. On ignore le chiffre exact de ces interventions, mais des responsables de l’Agence ont assuré en privé avoir éliminé plus de 300 « cibles » depuis janvier 2008. La presse pakistanaise a recensé 60 frappes dans le pays depuis janvier 2008, s’étant soldées par la mort de 14 leaders insurgés et de 687 « victimes collatérales ».

Ces exécutions extra-judiciares ont été vivement critiquées au Conseil des droits de l’homme de l’ONU et le rapporteur spécial a sommé les États-Unis d’en préciser la base légale.

Mais là n’est pas le problème aux yeux du général David Petraeus (patron de l’US Central Command) et de ses amis. Pour réaliser ces opérations, une puce émettrice est installée au domicile de la cible, souvent par un proche corrompu. La cible est alors bombardée par un drone. En moyenne la CIA tue 50 civils par cible atteinte. Dans ces conditions, l’élimination des chefs insurgés suscite une forte colère parmi la population et la dresse contre les États-Unis. Tous les efforts des militaires pour « gagner les esprits et les cœurs » s’en trouvent réduits à néant.