Para 1987, se realiza la primera ampliación a 90 mil barriles diarios de refinación. Más tarde, en 1995, se inició la segunda ampliación a 110 mil barriles para tratar crudo de 23 a 27 º API.
Actualmente, la Refinería está equipada con instrumentación electrónica de punta. Al mismo tiempo, la REE funciona en base a un cerebro automatizado conocido como Sistema de Control Distribuido Master (DCS), el cual fue creado para el control y monitoreo automático de los procesos de refinación de petróleo. Este sistema abarca varias áreas, que a continuación se describen:
El Área de Generación de Vapor y Eléctrica (Utilidades).- Se encarga de clarificar, filtrar, desmineralizar el agua captada del río Esmeraldas para satisfacer las necesidades de consumo humano y también para la generación de vapor que será utilizado en 4 turbogeneradores que permitan la generación eléctrica (30 MW), a fin de satisfacer las demandas internas de energía. Adicionalmente, la Planta está conectada al Sistema Eléctrico Interconectado (SIN) para casos de emergencia.
El Área de Crudos, donde el petróleo que proviene del Oriente.- Es almacenado en varios tanques, que es succionado por un sistema de bombeo para enviarlo a un sistema de desalado donde se lava el crudo para sacarle la mayor cantidad de azufre e impurezas. El crudo oriente llega con una temperatura de 34° C, pero una vez que sale de la desaladora el crudo alcanza los 125° C. El proceso de calentamiento continúa, la temperatura en los hornos alcanza los 360 ° C. Luego de este proceso ingresa el crudo a la torre atmosférica, donde desde la parte inferior se inyecta conjuntamente vapor a 150 PSI, con lo cual se logra el despojamiento de los productos iniciales de los gases. Con los gases más livianos se formará el diesel, el kerosene, la gasolina circulante y la nafta, respectivamente. Al mismo tiempo, la nafta se enfría para mantener el perfil térmico de la torre, que a su vez es procesado para continuar refinando el crudo reducido en la unidad de vacío.
El Área de Cracking catalítico.- Se basa en el rompimiento de moléculas por medio de un catalizador en presencia de temperatura. Inicialmente se tiene una entrada de la carga de gasóleo, como subproducto de los fondos de la torre de vacío. El gasóleo se une con un catalizador a 700 °C. de temperatura, lo cual produce un rompimiento de largas cadenas de hidrocarburos que van a formar cadenas pequeñas.
La Planta de Cracking.- Genera dos productos: la gasolina de alto octanaje de 93 octanos, 53.400 kg./hora de gasolina y 20.000 kilos/hora. de gas licuado de petróleo (GLP). Estos combustibles tienen un costo y ahorro para el país de 1 millón de dólares diarios.
La Regeneración Continua de Catalizador (CCR).- Es un Planta cuyo objetivo es producir gasolina de alto octanaje, hidrógeno y LPG, tomando como carga la nafta liviana. La capacidad operativa de la Planta es de 10 mil barriles diarios. Cabe señalar que esta gasolina es utilizada para mezclas por su alto contenido en aromáticos.
La Planta Hidrodesulfuradora (HDS).- Su función principal es eliminar el azufre de la carga que viene de crudo a través de un horno DH1 y un reactor DR1, a alta temperatura (320 °C) y con una corriente de hidrógeno, para que el producto terminado alcance un máximo de 0.05 % de azufre, que es lo óptimo para el mercado, conocido también como diesel premium. La producción actual de la Planta es de 114 mil toneladas diarias.
En 2004, la Refinería produjo derivados por un valor de 958’256.506 dólares. Por cierto, el costo de refinación es de apenas 3.21 dólares el barril (el año 2003 fue de 3.40). Es importante destacar que la REE aportó con 61% de la demanda nacional de combustibles.
El residuo obtenido del crudo refinado constituye el 55 % de la carga a la unidad de crudo, para lo cual hace falta otra Planta de alta conversión, que permita recuperar más productos limpios, como gasóleo, naftas, etc.
Los técnicos de la REE han propuesto, frente a la política de concesión del actual régimen, un proyecto altamente rentable para la construcción de una “Planta de Alta Conversión” a un costo estimado de 180 millones de dólares, para procesar los residuos, aumentar el valor agregado al fuel oil que hoy se vende por no existir una Planta para tratar la carga residual que ha crecido por la disminución de la calidad de grados ºAPI del crudo que proviene del Oriente. El proyecto incluye la construcción de una “Isomerizadora”, que permitirá obtener gasolinas de alto octanaje; de esta manera se busca disminuir el alto costo de importación de derivados, que en el año 2004 superó los 790 millones de dólares.
En conclusión, la rentabilidad de la Refinería está a la vista, por lo cual el Estado tiene la obligación de cumplir con el país apoyando el proyecto de los trabajadores que busca aumentar la producción de derivados y reducir la importación; pero sobre todo, garantizar que se mantenga la operación en manos de los técnicos de la Estatal.

PRODUCCIÓN DE DERIVADOS REFINERÍA ESTATAL DE ESMERALDAS 2004
PRODUCTOS REE VOLUMEN (Bl. o Ton) Costo por bl. o Ton Valor Producción en dólares.
Gasolina SUPER
Gasolina EXTRA
Diesel 2
LPG
Nafta alto octanaje 3’136.418 bbl.
4’480.289 bbl.
11’302.339 bbl.
141.205 bbl.
1’982.712 bbl. 55.24
45
48.71
430
55.24 173’255.730
219’613.005
550’536.932
60’718.279
109’525.056
TOTAL EN DOLARES $ 894’598.891

CARACTERISTICAS INDUSTRIALES DE LA REE
CANT. UNIDADES DE PROCESO CAPACIDAD
2 Unidades de destilación atmosférica 55.000 bpd.
1 Unidad de destilación al vacío 29.400 bpd.
1 Unidad de destilación al vacío 15.900 bpd.
2 Unidades de reducción de viscosidad 15.750 bpd.
1 Unidad craqueamiento catalítico 18.000 bpd.
1 Unidad reformación catalítica de nafta pesada con regeneración continua 10.000 bpd.
1 Unidad hidrodesulfuradora de nafta pesada 13.000 bpd.
1 Unidad hidrosulfuradota de diesel 24.500 bpd.