La nouvelle organisation du gouvernement prévoit que les ministres et ministres délégués participent, chaque mercredi, au Conseil des ministres, lieu de délibération politique présidé par le président de la République. Les décisions sont préparées, chaque lundi, par le Conseil des directeurs de cabinet, qui détermine en outre la communication gouvernementale. Les secrétaires d’État, quant à eux, ne participent qu’occasionnellement au Conseil des ministres, exclusivement pour les affaires de leur compétence, tandis que leurs directeurs de cabinet participent au Comité du lundi. On comprend donc que Lionel Jospin ait imposé le choix de leur directeur de cabinet à certains ministres. Dans ce cas, les directeurs de cabinet auront autant à seconder leur ministre qu’à le contrôler.

De plus, le Conseil des ministres est doublé par une Réunion gouvernementale bimensuelle, à laquelle participent les ministres et ministres délégués, hors de la présence du président de la République.