La Mission a établi, depuis son institution, des relations constantes avec le ministère de l’Intérieur qui lui apporte un appui appréciable.

Elle participe fréquemment aux réunions des cellules de vigilance préfectorales qui permettent une observation approfondie de la situation du sectarisme dans chaque département, d’en suivre l’évolution et, le cas échéant, de prendre les mesures appropriées en mobilisant l’ensemble des fonctionnaires de l’Etat.

Les relations avec la préfecture de police de Paris, indispensables en raison du grand nombre de mouvements sectaires présents dans la capitale, se sont développées à la satisfaction générale pendant l’année 2000. Quelques abus sectaires qui constituaient autant d’"irritants" pour la population parisienne ont heureusement disparu.