Como asesor de la Casa Blanca, Alberto Gonzales participó en la producción de varios memorandos que establecieron el marco legal de la llamada guerra antiterrorista. En el memorando de enero de 2002, Gonzales conceptúa que los acuerdos de la Convención de Ginebra no son de aplicación a los acusados de pertenecer a la red Al-Qaeda, detenidos en la cárcel de Guantánamo, Cuba. Este memorando se constituye en piso legal sobre el cual la Casa Blanca decide meses después que los acuerdos de la Convención no aplican en el caso de los detenidos de Guantánamo.

El memorando de enero de 2002 establece un antecedente para el memorando del Departamento de Justicia de agosto de 2002. Aquí se redefine el término "tortura", para implicar procedimientos que pueden causar dolor "de una intensidad similar al dolor que acompaña a lesión física seria, tal como muerte o falla de órgano". Asimismo, en este memorando se plantea, a nombre de la seguridad nacional, que el Presidente Bush puede eludir la prohibición de métodos de interrogación que se consideren como tortura en la legislación nacional o en los tratados internacionales.

Defensores de los derechos humanos son de la opinión de que, en efecto, esa redefinición limitada del término es contraria a la definición de tortura, más amplia y respetable de los derechos humanos, contenida en los tratados internacionales. Y que precisamente esa redefinición del término creó la atmósfera permisiva que eventualmente llevó a los abusos ocurridos en la prisión de Abu Ghraib, en Iraq.

En la antesala de las audiencias de confirmación, la administración Bush hace pública una revisión del memorando de agosto de 2002, en los términos de que la "tortura es repugnante tanto bajo la ley y los valores norteamericanos como bajo las normas internacionales". De esta manera, la administración Bush pone la discusión en otro contexto. Igualmente lo hace Alberto Gonzales al declararse en contra de la tortura. Sin embargo, algunos piensan que estas explicaciones se hacen demasiado tarde. Bob Herbert, en su columna de enero 5 de 2005 en The New York Times, dice que, con sus declaraciones, Bush y el señor Gonzales tratan de vender la idea de que ambos han visto la luz, cuando nada prueba en realidad que el abuso y la tortura no se siguen cometiendo.

Se observa, por otro lado, que no existe de parte de la administración Bush actitud alguna de regreso al camino de los tratados internacionales sobre trato inhumano y detención arbitraria. Mark Danner, también columnista del mismo periódico, en su columna del 6 de enero de 2005, previendo las consecuencias de una estrategia de terror oficial, advierte que la guerra en Iraq y la guerra antiterrorista son en últimas de carácter político. Por tanto, "la victoria no depende de la tecnología o de la superioridad militar sino de la persuasión política. [...] el sistema se ha vuelto incapaz, inclusive, de reconocer sus propios crímenes de guerra. [...] Uno no alcanza democracia, o libertad, a través de la tortura", concluye Danner.

Finalmente, el nombramiento de Gonzales como Fiscal General de Estados Unidos tiene consecuencias globales. Entre las organizaciones y activistas de defensa de los derechos humanos en Colombia existe además la preocupación de que la administración Bush, cuestionada de tiempo atrás por su desdén ante las denuncias de abuso y violación de los derechos humanos, presentadas por las víctimas y las organizaciones de defensa, esté mostrando un pretexto moral para justificar acciones de sus propios oficiales de Estado, sin una rigurosa directriz de respeto a las leyes nacionales y los tratados internacionales, contra la detención ilegal o arbitraria por parte de quienes aquí actúan dentro de la llamada guerra contra el terrorismo.