Plusieurs conflits opposent l’Égypte et le Soudan :
- Les frontières entre les deux États n’ont pas été fixées. La région d’Halayeb, occupée par l’Égypte depuis 2000 est toujours revendiquée par le Soudan. Lors de la cession des îles égyptiennes de Tiran et de Sanafir à l’Arabie saoudite, en 2016, le royaume aurait acté la souveraineté égyptienne sur Halayeb.
- Le Soudan est gouverné par une branche des Frères musulmans égyptiens, aujourd’hui interdits par Le Caire. Il vient de signer un accord militaire avec la Turquie, actuel parrain de la Confrérie, qui installe une importante garnison dans le pays s’ajoutant à celle déjà présente en Somalie.
- Et bien sûr la question des eaux du Nil, dont l’Égypte bénéficie majoritairement selon un document de la colonisation britannique contraire au droit international actuel.

L’Éthiopie construit le barrage de Grande Renaissance qui devrait lui donner les moyens énergétiques de son développement économique. Le Soudan et l’Égypte craignent que cet ouvrage les prive d’une partie de leur eau. Au cours des dernières années, les négociations ont échoué. Le Caire, qui soupçonne Karthoum de partialité, a demandé en vain qu’il soit remplacé comme médiateur par la Banque mondiale.

Les présidents Abdel Fattah al-Sissi (Égypte) et Omar Hassan al-Bashir (Soudan) ont rencontré le Premier ministre éthiopien, Hailemariam Desalegn, en marge du sommet de l’Union africaine, à Addis-Abeba, le 1er février 2018. Les trois hommes ont fait assaut d’amabilité devant les caméras, le président al-Sissi assurant qu’ils parlaient tous de la même voix au nom du même peuple.

Les craintes de l’Égypte et du Soudan sur une éventuelle baisse des eaux du Nil auraient été balayées par une expertise non publiée des cabinets français Artelia et BRL.

Cependant, l’Égypte a transféré secrètement des hommes sur une base militaire des Émirats arabes unis en Érythrée, tandis que le Soudan amasse son armée à la frontière érythréenne et que l’Éthiopie accuse déjà l’Érythrée d’encadrer des actions terroristes pour saboter le chantier du barrage.