En 1999, La guerre devient totale et quotidienne en République Démocratique du Congo. De violents combats se déroulent chaque jour. Les forces alliées au président Kabila (Zimbabwe, Angola, Namibie et Tchad) et les rebelles (soutenus par le Rwanda et l’Ouganda) continuent à s’affronter dans le Nord Katanga, au bord du lac Tanganika, à Mbuji-Mayi, ville diamantifère du Kasaï et autour de la ville de Kindu, dans le Maniéma. Pendant et malgré les hostilités, des pourparlers sont en cours tantôt initié par l’OUA, la Libye ou l’Afrique du Sud.

14 janvier - Attaque de Bukavu par les milices Maï-Maï : Pendant plusieurs mois, les forces de Kabila tentent, notamment à l’aide de leur aviation, d’enrayer l’avancer des rebelles le long du lac Tanganyika pour réaliser une jonction avec les milices Maï-Maï, les milices rwandaises Interahamwe et les ex-Far enrôlé par Kabila au Kivu.

18 avril - Un premier accord de cessez le feu est signé en Libye. Il est reste caduque, paraphé uniquement par l’Ouganda, Kabila et le Tchad.

13 mai - les rebelles déclarent avoir pris le village natal du président Kabila, Manono (Katanga). L’avant-veille, un bombardement réalisé par un avion des forces loyalistes sur les villes de Uvira et Goma fait au moins 45 morts parmi les civils.

17 juin - Libération de Joseph Olenghankoy, un des leaders de l’opposition, arrêté en janvier 1998 : le président Kabila voulant organiser un " débat national ", l’opposition politique (notamment Etienne Tshisekedi) et la rébellion avaient posé comme préalable à leur participation, la libération de tous les prisonniers politiques.

10 juillet - Après de longues négociations, les Présidents congolais, rwandais, namibiens, ougandais, zimbabwéen, burundais et le ministre de la défense angolais, signaient à Lusaka un accord de cessez le feu. Cet accord prévoit un cessez le feu multilatéral dans les 24H, le retrait des troupes étrangères du Congo, la constitution d’une nouvelle armée congolaise et le désarmement de tous les groupes armés.

1er août - au lendemain de la prise de la ville de Zongo située sur le fleuve Oubangui, par les troupes du mouvement rebelle, MLC dirigé par l’homme d’affaire Jean-Pierre Bemba, celui-ci signait les accords de Lusaka.

Une dissidence au sein de l’autre mouvement rebelle, le RCD, est à l’origine d’affrontements sévères entre les deux factions à Kisangani. Les troupes rwandaises et ougandaises se sont affrontées à l’arme lourde pendant 4 jours, les premiers soutenant l’actuel président du RCD, Emile Ilonga, et les deuxièmes soutenant les pro-Wamba Dia Wamba.

31 août - Près de deux mois après les pays impliqués en RDC, le RCD signait enfin les accords de paix à Lusaka.

Fin octobre - Les escarmouches signalées depuis la signature des accords font place à des attaques massives et des bombardements. Les deux mouvements rebelles déclarent qu’en raison de l’offensive généralisée des forces de Kabila sur leurs positions, ils considèrent les accords de Lusaka " caducs ".

Décembre - Kinshasa et les 3 mouvements rebelles (MLC, RCD et RCD-ML) se mettent d’accord sur la désignation de l’ancien président bostwanais Ketumile Masire comme médiateur du processus de paix