Diciembre 13, 1998: aviones de la FAC bombardean una reunión social de campesinos del poblado araucano de Santo Domingo a la que supuestamente confunden con una concentración de guerrilleros de las Farc y causan 18 muertos, entre ellos ancianos y niños hasta de cuatro años de edad, según concluyó la investigación hecha más tarde. Las Fuerzas Armadas, como casi siempre, niegan el hecho a pesar de las evidencias que encuentra la comisión de Medicina Legal de Arauca que practicó el levantamiento de los cadáveres y los exámenes de necropsia. Fue encabezada por Ciro Peña, director de la unidad seccional, y estuvo compuesta además por varios médicos auxiliares y personal de funeraria. Desde un principio autoridades norteamericanas culparon de error a la FAC y amenazaron con retirar la ayuda económica para la base de Palanquero, de donde habían partido los aviones.

Enero 12, 2003: agentes del DAS visitan el puesto de trabajo del médico Peña y lo invitan a realizar dictámenes medico-legales en las instalaciones de la Brigada 18. Peña se hace acompañar de su esposa y, una vez traspasada la puerta de entrada de la guarnición militar, los amables detectives dejan afuera a la señora y a su esposo le notifican orden de captura de la Fiscalía General por concierto para delinquir con fines de narcotráfico. Es trasladado en avión militar a los calabozos del DAS de Bogotá y al día siguiente la prensa lo presenta como el delincuente que había cambiado los dictámenes de Santo Domingo para proteger a la guerrilla. Su captura se hace con base en declaraciones de dos testigos: Yon Pelayo Garzón, de la inteligencia militar e infiltrado en las Farc desde 1993, que había sido sacado fuera del país bajo la protección de testigos y que en ningún momento acusó a Peña de nada, y el guerrillero e informante José Manuel Cuenca (El Ruso), perteneciente a la Brigada 18. El principal intento era que se judicializara a Peña porque ese era el camino para deslegitimar el dictamen médico sobre Santo Domingo.

Enero 8, 2003: declaración contra Peña hecha por Cuenca, luego de haber permanecido silencioso durante más de seis meses en las instalaciones de la Brigada.

Enero 23, 2003: el FBI y la embajada norteamericana de Bogotá descertifican el dictamen de la FAC y la conminan a reconocer su error en la matanza de los civiles de Santo Domingo. La revista Semana y El Tiempo publican el documento y en seguida el médico Peña deja de ser noticia.

Enero 26, 2003: la Fiscalía dicta a Peña medida de aseguramiento por favorecimiento agravado (a milicianos de las Farc) y ordena su detención domiciliaria (que continúa en agosto de 2005).

Julio 22, 2003: El Ruso se retracta de todas sus acusaciones contra Peña, afirma que una actuación de la que se acusa al médico (asistencia a un guerrillero herido) éste la había hecho bajo amenaza de muerte contra él y su hijo, pero incurre en incoherencias referentes a un sobre que dice haber recibido del médico y da oportunidad a la fiscalía para robustecer la acusación contra Peña y mantener la orden de arresto. Al mismo tiempo, la Fiscalía niega la solicitud hecha por Peña de que Yon Pelayo se presente a declarar. Dice no dar fe de esa retractación y en seguida se desencadenan los embargos de los bienes de la familia Peña. Su casa y el resto de sus bienes fueron embargados. La policía ocupó su casa y se la dio a un agente, bajo el argumento de que, si a los narcos se les embargan sus bienes, a los guerrillos también. Embargaron también la casa de su esposa y la de su hijo.

Agosto 22, 2003: un médico de apellido Garnica, que era director de la unidad de ML de Zipaquirá y que, por presiones de alto nivel, había sido nombrado como reemplazo de Peña en la dirección de la unidad de Arauca, presenta nueva denuncia contra Peña, sobre falsedad y alteración de los protocolos de las necropsias de Santo Domingo. Garnica comenzó a ejecutar toda suerte de despropósitos, sacó fotocopias y redactó un documento en que acusaba a Peña de falsedad, basado en que Ciro dejaba borradores de los dictámenes y hacía tachones en los borradores, supuestamente para falsificar las pruebas. Mandó todo eso al DAS, éste lo remitió a la Fiscalía y así se montó la segunda acusación contra Peña. Garnica se instaló en predios del Ejército alegando necesidad de seguridad personal. Vivía rodeado de escoltas y viajaba con militares, y acusó a todos los involucrados en el caso de ser colaboradores de la guerrilla. Señaló como subversivo a Antonio Restrepo, jefe auxiliar de la unidad local, quien debió huir al ser informado por un funcionario del gobierno de que los paras tramaban su asesinato. Ya desde fines de 2002 Carlos Murillo, médico coordinador del Hospital de San Antonio, de Tame, había tenido que abandonar precipitadamente la ciudad por amenazas de los paras; a inicios de 2003 había sido asesinado, supuestamente por los mismos, un empleado de la funeraria de Tame, experto en manipulación de cadáveres, y poco después Graciliano Ruiz, médico auxiliar de la unidad de ML de Saravena, había sido acusado de rebelión y encerrado en la cárcel de Cómbita. Los dos habían participado en la comisión de las mencionadas necropsias.

Septiembre de 2003: Garnica es trasladado a Bogotá y se le inicia investigación disciplinaria. Renuncia al IML y pasa a un cargo en el DAS. La fiscal encargada del caso es expulsada de la Fiscalía por corrupción.

Noviembre de 2003: Pelayo envió un video y un documento juramentado en el que se retracta de sus anteriores acusaciones contra Peña y afirma que el médico nunca había tenido nada que ver y que él lo conocía de mucho tiempo atrás. Pero su declaración es extraviada por la Fiscalía durante un mes, hasta que se produce el cierre de la investigación que deja como resultado una resolución acusatoria contra Peña.

Ciro Peña sigue hoy preso y él y su familia han quedado en la calle. Quisieron hacer una vida de trabajadores, como les había enseñado el padre y esposo, ya fallecido. Su plan de vida se frustró porque por encima de todo está la verdad del Estado. Los funcionarios superiores del Instituto abandonaron a Ciro y ni siquiera se atrevieron a decir qué clase de profesional sin tacha habían tenido a su lado durante tantos años, y si él era culpable o no lo era. Optaron por lo más fácil, que es callar y seguir comiendo en silencio. En un video realizado por el sindicato del Instituto se oye decir a Ciro Peña: “Solo el sindicato de Medicina Legal me ha dado la solidaridad, y con pena debo decir que yo no era sindicalizado”.